Το αρχείο /etc/my.cnf περιέχει τις ρυθμίσεις του MySQL Server.
Παράδειγμα αρχείου με τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις, από σύστημα με Centos 4 και MySQL Server 4:
[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
user=mysql
# Default to using old password format for compatibility with mysql 3.x
# clients (those using the mysqlclient10 compatibility package).
old_passwords=1
# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks;
# to do so, uncomment this line:
# symbolic-links=0
[mysqld_safe]
err-log=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid